На территории ОЭЗ «Дубна» с 2012 года действует режим свободной таможенной зоны, позволяющий осуществлять ввоз и вывоз иностранных товаров (оборудование, сырье, комплектующие, строительные материалы) без уплаты таможенной пошлины и НДС. Все объекты таможенной инфраструктуры оснащены современным высокотехнологичным оборудованием.